1941-1945-ci illərdə Sovet İttifaqı ölkələri və faşist Almaniyası ilə onun müttəfiqləri arasında Böyük Vətən müharibəsi olub. Bu müharibədə 600 mindən çox azərbaycanlı iştirak edib.
Həmin illərdə Gəncədən 25 643 nəfər əsgər, 731 nəfər zabit ordu sıralarına səfərbər olunub. Onlar, əsasən, Azərbaycanda formalaşan milli diviziyaların şəxsi heyətində vuruşurdu.
Həmin dövrdə kişilər cəbhəyə yollandığından Gəncənin sənaye müəssisələrində çalışan qadınların sayı iki dəfədən çox artdı. 1944-cü ildə artıq ümumi işçilərin 55,3%-ni qadınlar təşkil etdi. Gəncənin müəssisələrində istehsal hərbi sifarişlər və cəbhə üçün gərəkli məhsullar üzrə təşkil edilirdi. Həmçinin istehsalın həcmi artırılırdı və üç növbəli iş rejimi tətbiq olunurdu.
Arxa cəbhədə əməyə görə 600-dən çox gəncəli fəhlə, kolxozçu, ziyalı orden və medallarla təltif edilib.
Müharibə illərində Gəncədə məktəb, klub kimi müxtəlif təyinatlı binalarda hərbi xəstəxanalar yerləşdirildi. Bundan başqa, şəhərdə qanköçürmə stansiyası təşkil edildi. Ümumiyyətlə, 4 il ərzində 2604 nəfər gəncəli donor cəbhə üçün min litrdən çox qan verib. Gəncədə müalicə olunan döyüşçülərin ruhdan düşməməsi üçün Gəncə Dram Teatrının kollektivi 2 minə yaxın konsert proqramı təşkil edib.
Cəbhə bölgələrindən köçürülən 16 mindən çox insan Gəncə və Göygöldə sığınacaq tapıb. 1942-ci ildə gəncəli ailələr valideynlərini itirən 200-dən çox uşağı övladlığa götürüb. Həmin dövrdə yaradılan 2 uşaq evində 375 uşaq tərbiyə edilirdi.
Gəncəlilər müharibə illərində döyüşçülərə sovqatlar yollayırdılar. 1941-1945-ci illərdə Gəncədən müdafiə fonduna 1 kq-dək qızıl, 18 kq gümüş, milyon manatlarla nağd pul verilmişdi.
Gəncədən yollanan yüzlərlə döyüşçü cəbhədə şöhrət qazanıb. Onların arasında İsrafil Məmmədov ilk azərbaycanlı olaraq Sovet İttifaqı Qəhrəmanı adına və Museyib Bağırov, Məmməd Məhərrəmov SSRİ qəhrəmanı adına layiq görülüblər. Gəncəli mütəfəkkir Mirzə Abbas Abbaszadənin oğlu Ənvər Abbaszadə İtaliya partizan hərəkatının qəhrəmanı olub. O, “Armando” ləqəbi ilə tanınıb. Həmçinin bir çox zabitlər Azərbaycan diviziyasının heyətində Qafqazdan Berlinədək döyüşüblər.